Потому, что работают сразу 2а web-сервера, один раздает стат. контент и является фронтендом к другому, по этому конфигурировать надо оба. Примером может служить существующий конфиг, просто создай еще один для нового сайта, замени там имена и пути к файлам.
И не забыть изменить в файле /etc/crontab путь к новому ядру .../bitrix/modules/main/tools/cron_events.php иначе не будет работать события, такие как, например, рассылка писем.