получить id сайта

Действительно, SITE_ID в админке выдает текущий язык в админке.

Тем не менее можно получить ID сайта текущего домена:

$rsSites = CSite::GetList($by="sort", $order="desc", array("DOMAIN"=>$_SERVER['SERVER_NAME']));
while ($arSite = $rsSites->Fetch())
{
$arSites[] = $arSite["LID"];
}