несколько оргструктур на одном корпортале

Это вообще возможно?!

тогда такой вопрос, как настроить оргструктуру таким образом, что бы можно было делегировать пользователям права на редактирование её частей? к примеру начальник отдела может видеть только своих подчинённых и больше никого, а администратор - всех.

А можно ли создать новый тип инфоблока не из админки? Т.е. Вывести пользователю интерфейс для создания инфоблоков?

Внимательно перечитайте приведённый мною пункт лицензионного соглашения. Независимые оргструктуры подразумевают использование корпоративного портала разными юрлицами (а иначе зачем ещё?), а это явным образом запрещается данным пунктом.

Лукавите