PHP скрипты выполняются в директории хранения загружаемых файлов

вопрос не теряет актуальности, даже на битрикс окружении.
для решения смотрим, главный модуль "Папка по умолчанию для загрузки файлов", там по дефолту прописан "upload"

решение на nginx:
       server {
           server_name example.ru;
           location ~* ^.*/upload/.+\.(php|php3|php4|php5|php6|phtml|pl|asp|aspx|cgi|dll|exe|ico|shtm|shtml|fcg|fcgi|fpl|asmx|pht|py|psp) {
               deny  all;
           }
       }

решение на apache:
       <Directory /home/bitrix/www/upload>
           AllowOverride none
           AddType text/plain php,php3,php4,php5,php6,phtml,pl,asp,aspx,cgi,dll,exe,ico,shtm,shtml,fcg,fcgi,fpl,asmx,pht,py,psp
           php_value engine off
       </Directory>