Как правильно вести торговые предложения

Присоединяюсь к вопросу.

А как быть с красотой, которая доступна в типовом шаблоне магазина - когда ты кликаешь на характеристику и видишь что изменилось?

Ну это вобще то да. Это идея. Я так и думал по какому то свойству их связывать.  
Потому и выводить в катрочке товара похожие по этому свойству вместе с предложениями если они есть. Вобще то получиться или товпреды или похожие , но в том же месте.

Я просто предложил.

По вашему вопросу "другие модификации товара" я понял как товары одной серии. Типа белый айфон и черный айфон. Сделайте свойство "серия". Это простой с точки зрения реализации способ.

Можете в 1С заполнить серию, как ссылку на элемент другого справочника, чтобы легче было заполнять. Правда, на сайт выгрузится только GUID, но будет достаточно.

-------

Похожесть - это глобальная задача.

Вы сами должны решить, что такое похожесть

У разных видов номенклатуры похожесть определяется по разному. Где-то по цене, где-то по характеристикам, где-то по модели или серии. В автозапчастях вообще аналоги: каждый к каждому.

Но вы не должны впадать в крайность и загонять все характеристики в торговые предложения. В крайнем случае в Битриксе сто лет есть функционал "Сравнение товаров". Им редко кто пользуется,