Обнаружил одну особенность виртуальной машины, в ней на уровне сервер в целом закрыты доступы к некоторым разделам ядра Битрикс! Началось с того что перевел выполнение агентов на крон, но в "Проверке системы" вдруг появилась красная запись что агенты не запускались более суток. Стал исследовать почему. Поставил в скрипт "/bitrix/php_interface/cron_events.php" отправку почтовых сообщений, но никаких сообщений не поступало. Попробовал тогда вызвать скрипт напрямую с браузера. И вот тут обнаружилось что в доступе отказано: 403 Forbidden, Bitrix Environment. Файлы ".htaccess" проверил и почистил на предмет deny from all и тому подобное, но 403-я осталась ко всему что начинается на "/bitrix/php_interface". Тоже самое происходит и с "/bitrix/modules/main/tools/"
К слову с вызовом крона тоже были сложности, оказывается строка вызова с мануалов тоже не рабочая:
Вызов скриптов из под крона и из закрытых разделов, о которых упоминал выше, не влияет на выполнение скрипта. Надеюсь кому то данные наблюдения и подсказки помогут и сэкономят время.