только директории с сайтами будут лежать в /home/bitrix/ext_www/subdomain1.site.ru /home/bitrix/ext_www/subdomain2.site.ru /home/bitrix/ext_www/subdomain3.site.ru и т.д
Дмитрий, создайте один дополнительный сайт с именем например dop.site.ru, с нужным путем, далее в /etc/nginx/bx/site_avaliable/s1.conf и ssl.s1.conf добавьте директиву: server { server_name site.ru, www.site.ru; ....
в /etc/nginx/bx/site_avaliable/dop.site.ru.conf исправьте server { server_name dop.site.ru; .... на server { server_name *.site.ru; ....