Как делается минификация файлов .js, .css в разных папках компонент?

Да видела, а так автоматически не предусмотрено, создание минификации?

Предусмотрено, но немного не так как вы ожидаете.
При включении опции в главном модуле, перед тем как отдать на скачивание файл, к нему будет применен runtime метод для объединения (еслю включена опция) и сжатия файла, а после чего будет отдан на скачивание.

Если у вас BitrixEnv лучше отдать сжатие на откуп nginx модулю pagespeed (от google), который есть в последней версии VM.
Если у вас НЕ BitrixEnv, то можно воспользоваться другими инструментами и положить *.min.css (js) файл в ту же директорию.

Однако это операция будет при каждой инвалидации кеша, создания именно отдельного файла не предусмотрено

с этого подробнее, так как у меня при включении опции из "Оптимизация CSS", ничего не минимифицируется, и все некорректно работает. Приходилось через онлайн-минификаторы работать.

Да, но это не факт, что минимифицированные файлы создаются на лету, когда я отмечу галку "Подключать минифицированные версии CSS и JS файлов:", у меня это не работает. То есть они не создаются минимифицированные файлы