Настройка видимости страницы

Если это физические страницы, то можете их просто не добавлять в меню (или например в настройках меню поставит условие их отображения).
Если это логические страницы (например записи в инфоблоке), то нужно пересматривать всю стратегию показа - убирать их из поиска (если они ищутся), править компоненты вывода на страницу