Создайте дополнительный файл меню (.тип меню.menu.php), с помощью API получите необходимые данные (нужные секции и элементы инфоблока) в зависимости от URL (выделенного пункта меню) и создайте массив с нужными Вам пунктами, который потом обработайте в шаблоне меню. А лучше начать вот отсюда