Дополнить, а не перезаписывать множественное свойство типа привязка к элементам

Добрый день!
Можно попробовать брать значение массива, сливать с вашими данными (array_merge) и новый массив (дополненный) передавать в CIBlockElement::Update (свойства будут в arFields).
Либо дополняем массив с помощью array_push (наверное более правильно, но первый вариант - более наглядный, хоть и содержит 1 лишнее действие).