SetPropertyValueCode

<?php
$obElement = \CIBlockElement::GetList(
    [],
    [
        'ID' => (int)$aElementID,
        'IBLOCK_ID' => (int)$iMainIblockId
    ],
    false,
    false,
    [
        'ID',
        'IBLOCK_ID',
    ]);
if ($obFields = $obElement->GetNextElement()) {
    $arProperties = $obFields->GetProperties();
    if (!empty($arProperties)) {
        /**
         * Собираем файлы для удаления в массив,
         * группируя по свойствам
         */
        foreach ($arProperties as $sPropCode => $arPropValues) {
            /**
             * $sPropCode - ключ код свойства, в котором мы ищем удаляемый файл без PROPERTY_ и _VALUE, например PHOTO
             * $arPropValues - PROPERTY_VALUE_ID удаляемого файла
             * $arFiles["FILE_DELETE"] - массив, содержащий ID удаляемых файлов всех свойств
             * $sValue - искомое значение ID
             */
            foreach ($arPropValues['VALUE'] as $iKeyValue => $sValue) {
                if (in_array($sValue, $arFiles["FILE_DELETE"]) && $arPropValues['PROPERTY_VALUE_ID'][$iKeyValue] > 0) {
                    $arDeleteList[$sPropCode][$arPropValues['PROPERTY_VALUE_ID'][$iKeyValue]] = [
                        'VALUE' => [
                            'del' => 'Y',
                        ]
                    ];
                }
            }
        }
        /**
         *  Если массив для удаления файлов не пустой
         *  производим удаление
         * */
        if (!empty($arDeleteList)) {
            foreach ($arDeleteList as $sPropForDelete => $arDeleteFiles) {
                CIBlockElement::SetPropertyValueCode(
                    $aElementID,
                    $sPropForDelete,
                    $arDeleteFiles
                );
            }
        }
    }
}