Отвечаю сам себе, т.к. официального ответа не последовало.
Тестировать Веб-наналитику на MySQL 5 мы не стали.
На MySQL 4.1.15 (InnoDB) сайт с включенным сбором статистики в лабораторных условиях работал без проблем. Тестирование проводили на RedHat 9.0, установленном на виртуальную машину под управлением VMWare GSX Server 3.2. Серверу был выделен 1 GB памяти.
Конфигурация тестового компьютера, на котором установлен GSX Server: P-4, 2.8 GHz, 2GB RAM, HT отключен. Тестируемый сайт содержал порядка 2000 статических страниц.
В качестве нагрузки на трех компьютерах, установленных в той же локальной сети, запускали линк-чекер "Xenu". В ходе тестирования одновременно работало 8 копий Xenu.
В ходе тестирования было отмечено, что скорость обработки HTML-запросов после подключения Веб-аналитики резко снизилась. Точных замеров не проводили, но на глаз -- примерно на порядок.
Конструктивные решения, принятые по результатам тестирования:
На "реальном" сервере будет развернуто 3 домена с общим кол-вом страниц ~3000 и общим кол-вом посетителей до 2000 чел в день. По-этому для обеспечения интерактивности работы сайта было принято решение разворачиваться на выделенном сервере Dell Dual Xenon 2.4 GHz, 1 GB RAM.