Фильтр на главной странице.

Вечер добрый Morrowi.

И так поехали, если я правильно понял, то Вам необходимо показать на главной странице топ товаров,
а затем фильтровать инфоблок и выводить необходимые по фильтру позиции.

Данный функционал можно реализовать так:
За вывод товара на главной будет отвечать catalog.top или news.list
и там и там Вы можете самостоятельно задать параметры для вывод первоначально
нужного массива, далее используя компонент catalog.filter(который расположенный на этой же странице) через массив $arrfilter Вы можете передавать нужные параметры для фильтрации в  catalog.top или news.list(зависит от необходимости и функционального решения),не забудете указать в компонентах  catalog.top или news.list, что параметры передаёт мвссив  $arrfilter.
Удачи Вам

Жаль, что никто пока ничего не ответил.
Подскажите, как же всё-таки можно сначала выбрать необходимые параметры поиска(по заданным свойствам товара), а потом вывести все товары, подходящие по этим параметрам?

1. поиск товара по нескольким критериям (в том числе и по бренду, каждому бренду соответствует своя папка в каталоге). Каталог на отдельной странице

Я сделал это следующим образом:
Фильтр по свойствам товара вывел в включаемой области. в шаблоне фильтра поменял action, к примеру action="/s1/e-shop/goods.php". А на странице goods.php опубликовал компонент Элементы раздела (bitrix:catalog.section). Он выводит все товары не глядя на их разбиение по разделам. Компоненту передается значение фильра -  выводится только то, что было задано в фильтре. Есть только нюанс. Перед компонентой Элементов раздела я опубликовал компонент Фильтр, и сделал его невидимым <div style="display: none; visibility: hidden;">. Он как передаточное звено, воспринимает параметры, которые передает первый фильтр.

2. Вывести самые продаваемые товары
вроде есть компонент Топ, или  его функционала не хватает?

3. вывести последние новинки (отмечены отдельной переменной в каталоге), ограниченное число (допустим 5) штук
Попробуйте заглянуть сюда http://dev.1c-bitrix.ru/api_help/iblock/classes/ciblockelement/getlist.php
особенно в комментарии.

4. Возможно вывести спецпредложения (тоже отдельной переменной в каталоге есть "спеццена")
Таким же образом, по признаку  спеццены.