Пересчет заказа

// деактивируем привязанную скидку
$query = [
    'filter' => [
        '=ORDER_ID' => 16706, // id заказа
        '=ORDER_DISCOUNT_ID' => 10371, // id связи отменяемой скидки. Связи хранятся в таблице b_sale_order_discount
        '=APPLY' => 'Y',
    ],
    'select' => ['ID']
];

$rule = \Bitrix\Sale\Internals\OrderRulesTable::getList($query)->fetch();
if ($rule)
    \Bitrix\Sale\Internals\OrderRulesTable::update($rule['ID'], ['APPLY' => 'N']); // деактивируем скидку. А можно, наверное, и удалить, если больше не нужна


// пересчитываем сам заказ
$order = \Bitrix\Sale\Order::load(16706);
$discount = $order->getDiscount();

$registry = \Bitrix\Sale\Registry::getInstance(\Bitrix\Sale\Registry::REGISTRY_TYPE_ORDER);

$discountCouponsClass = $registry->getDiscountCouponClassName();

$discountCouponsClass::clearApply(true);
$discountCouponsClass::useSavedCouponsForApply(true);

$res = $discount->calculate();
$order->applyDiscount($res->getData());
$order->save();