закройте доступ к сайту извне, и сами не заходите в течение суток, потом проверьте, создались файлы или нет.
они могут создаваться при обращении к определённой странице сайта или другому файлу.
Сужайте область поиска. Скопируйте куда-нибудь пользовательский шаблон сайта, пользовательские шаблоны компонентов и прочие файлы, которых не было в битрикс по умолчанию. после этого удалите их с сайта и проверьте, осталась ли проблема. Если нет, возвращайте удалённые файлы на сайт по одному и смотрите, вернётся ли проблема.
они могут создаваться при обращении к определённой странице сайта или другому файлу.
Сужайте область поиска. Скопируйте куда-нибудь пользовательский шаблон сайта, пользовательские шаблоны компонентов и прочие файлы, которых не было в битрикс по умолчанию. после этого удалите их с сайта и проверьте, осталась ли проблема. Если нет, возвращайте удалённые файлы на сайт по одному и смотрите, вернётся ли проблема.