Сергей Безуглов,добрый день.
Вероятно, что по вашей бизнес логике описанные методы будут иметь огрехи (много воды)
1. Привязка товаров к разделам с помощью дерева групп. Можно сформировать дерево групп в настройке обмена с сайтом, тогда не придется раскидывать товары по разделам на сайте. В дереве групп можно так же делать мультипривязку. Насчет удаления информации - обычно, если в xml файл не выгружается какое-то из заполненных полей, то оно и не модифицируется на сайте. Если же по этому полю выгружается пустое значение, то оно зачищается и на сайте у товара. Тут бы проверять содержимое xml файла.
2. Привязка товара на сайте к разделам. Можно так же продолжать привязывать товары к разделам на сайте, но при этом описать на сайте перехват событий при изменении товара в процессе обмена, в котором можно запретить затирать разделы. Например, взять событие OnBeforeIBlockElementUpdate и сделать там unset для переданных в xml групп (папок). Кстати, такие же действия можно делать и описанием товара, если вдруг нужно, чтобы описание не затиралось данными из 1с.
3. Осуществлять только выгрузку изменений цен и остатков. Но здесь остается вопрос открытым, в какой момент запускать обмен с выгрузкой новых товаров.
В любом случае можно придумать удобные комбинации обмена как с доработками/изменениями на стороне сайта, так и без них (хотя...думаю с изменениями).