сайт будет лежать у вас в отдельной папке, и вы будете создавать сымвольные ссылки, в зависимости от упоротости разработчиков, надо внимательно отнестись к предупреждениям при копировании файлов по символьным ссылкам. По БД у вас очень инетерсный квест по переносу данных из инфоблоков через импорт экспорт, тут не должно возникнуть проблем. Максимум это если будут поля с сылками на на другие элементы инфоблоков.