Есть схожая проблема на схожей конфигурации - процесс оптимизации прерывался на самой большой таблице b_im_message. На тот момент она у нас весила около 2Гб и в ней очень много строк.
ТП подсказала, что проблема может возникать из за таймаута php. Предложила как вариант делать оптимизацию всей БД из консоли linux - запросом OPTIMIZE.
Но учтите, что даже после успешной оптимизации через консоль, проверка сайта все равно будет показывать, что таблицы нужно оптимизировать. Видимо проверка анализирует не сами таблицы БД, а время предыдущего запуска оптимизации через панель управления и ее результат. Обязательно сделайте резервную копию /снимок VM перед оптимизацией.
ТП подсказала, что проблема может возникать из за таймаута php. Предложила как вариант делать оптимизацию всей БД из консоли linux - запросом OPTIMIZE.
Но учтите, что даже после успешной оптимизации через консоль, проверка сайта все равно будет показывать, что таблицы нужно оптимизировать. Видимо проверка анализирует не сами таблицы БД, а время предыдущего запуска оптимизации через панель управления и ее результат. Обязательно сделайте резервную копию /снимок VM перед оптимизацией.