Мы делали обмен "произвольными" данными между 1С Битрикс и 1С Предприятием. За основу брали стандартный протокол обмена заказами (он - двустронний), описанный здесь - он очень удобен. А в качестве формата файла так же использовали CommerceML 2. Если почитаете описание этого формата , то будете удивлены - им вообще все, что угодно можно передать, и на стороне Битрикс для него уже есть шикарный парсер.

,