Я так понимаю, что там в документации описано не все решение, а только путь. Потом вам еще в шаблонах и компонентах кастомизировать придется, чтобы в качестве разделов выводились человеческие разделы, а потом искались разделы другого инфоблока, у которых этот раздел прописан в привязке и из него уже выбирались товары.