Не понимаю, а при чем здесь визуальное редактирование?
У компонента bitrix:catalog есть несколько файлов шаблона. В частности, есть section.php - смотрите в нем использование параметра $arParams['USE_FILTER'] - на его основе там же подключается фильтр, просто замените код подключения фильтра своим кодом. Проблем быть не должно. В визуальном редакторе фильтра не должно быть видно, т.к. он находится не на странице, а в шаблоне компонента (т.е. в файле section.php шаблона компонента).
У компонента bitrix:catalog есть несколько файлов шаблона. В частности, есть section.php - смотрите в нем использование параметра $arParams['USE_FILTER'] - на его основе там же подключается фильтр, просто замените код подключения фильтра своим кодом. Проблем быть не должно. В визуальном редакторе фильтра не должно быть видно, т.к. он находится не на странице, а в шаблоне компонента (т.е. в файле section.php шаблона компонента).