Если для всех index.php надо применить 1 шаблон, а для других страниц другой шаблон, то можно сделать вот так:
| Цитата |
|---|
| <?$APPLICATION->IncludeComponent( "bitrix:menu", ((basename($APPLICATION->GetCurPage())=='index.php')?'main':'all'), Array( "ROOT_MENU_TYPE" => "top", "MAX_LEVEL" => "1", "USE_EXT" => "N" ) );?> |

знаешь, что и где лежит.