nukemonk, я думаю, что можно использовать и своё решение.
Тут вариантов два. Первый - это переписать сам модуль transformer. Он не очень сложный, кода там немного. Обновления для модуля выходят редко, можно держать его под системой контроля версий для возможности отката.
1. Указать свой адрес обработчика (смотрите код \Bitrix\Transformer\Http::__construct()) - в этом случае команда будет уходить по вашему адресу.
2. Сделать свою обработку результатов конвертации. Если другой хост, то надо подшаманить метод \Bitrix\Transformer\Http::getBackUrl()
3. Если данные у вас конвертируются локально, то можно писать сразу в базу
4. Сохранить файлы (таблица b_transformer_command - указать STATUS=400, сохранить файлы в b_documentgenerator_file, можете посмотреть \Bitrix\DocumentGenerator\Integration\TransformerManager::call())
Второй вариант - конвертировать самостоятельно через события генератора документов
1. Отключаете модуль transformer (если он нужен в другом месте, то можете дергать \Bitrix\Main\ModuleManager::unRegisterModule() и \Bitrix\Main\ModuleManager::registerModule() в рантайме, но это не очень)
2. Перехватываете события onCreateDocument и onUpdateDocument
3. В обработчике события конвертируете самостоятельно и сохраняете, куда нужно. Опять же сохранение можно посмотреть тут \Bitrix\DocumentGenerator\Integration\TransformerManager::call()
Сейчас связь жесткая, но развязывать, мне кажется, надо на уровне модуля transformer. Если есть потребность - пишите в техподдержку.