Сделал вот так:
для сайта s1 - * * * * * bitrix test -f /home/bitrix/ext_www/s1/bitrix/modules/main/tools/cron_event s.php && { /usr/bin/php -d sendmail_path="msmtp -t -i -a s1" -f /home/bitrix/ext_www/s1/bitrix/modules/main/tools/cron_event s.php; } >/dev/null 2>&1
для сайта s2 - * * * * * bitrix test -f /home/bitrix/ext_www/s1/bitrix/modules/main/tools/cron_event s.php && { /usr/bin/php -d sendmail_path="msmtp -t -i -a s2" -f /home/bitrix/ext_www/s1/bitrix/modules/main/tools/cron_event s.php; } >/dev/null 2>&1
для сайта s3 - * * * * * bitrix test -f /home/bitrix/ext_www/s1/bitrix/modules/main/tools/cron_event s.php && { /usr/bin/php -d sendmail_path="msmtp -t -i -a s3" -f /home/bitrix/ext_www/s1/bitrix/modules/main/tools/cron_event s.php; } >/dev/null 2>&1
И письма начали рассылаться и приходить со своих персональных адресов
И с модуля "EMail-маркетинг", и с модуля "Подписка, рассылки"
Но надо ещё потестировать
Пока рано радоваться 
для сайта s1 - * * * * * bitrix test -f /home/bitrix/ext_www/s1/bitrix/modules/main/tools/cron_event
для сайта s2 - * * * * * bitrix test -f /home/bitrix/ext_www/s1/bitrix/modules/main/tools/cron_event
для сайта s3 - * * * * * bitrix test -f /home/bitrix/ext_www/s1/bitrix/modules/main/tools/cron_event
И письма начали рассылаться и приходить со своих персональных адресов

Но надо ещё потестировать

