Тоже озаботился этим вопросом. Перелопатил шаблон, но впрямую там нет вывода формы. Насколько я понял, это фильтр к стандартному компоненту bitrix:intranet:search? Поскольку форма фильтрации расположена в правой колонке (и вызывается после отработки кода компонента), то используется отложенный вызов через $APPLICATION->ShowViewContent("sidebar") в шаблоне сайта. Осталось понять, где формируется sidebar и чем он управляется...
UPD. На текущий момент нашел такое решение:
шаблон этого компонента лежит /bitrix/templates/{название шаблона - у меня light}/components/bitrix/intranet.search/.default/bitrix/intranet.structure.selector/advanced. Открываем и правим шаблон ручками, настраивая поля по своему усмотрению. КМК, шаблон скопирован в локальную папку темплейта, поэтому при обновлении не затрется. В моем случае хотел убрать Внутренний телефон и галку "Мой офис" - получилось:)