С большой вероятностью это связанно с тем, что образ Centos предлагаемый хостером настроен на его же репозитарий для оной ОС, пакеты из которого собраны по разумению хостера. Выхода два:
1. Устанавливать Centos из официального iso, например из скаченного отсюда http://mirror.yandex.ru/centos/6.7/isos/x86_64/CentOS-6.7-x86_64-minimal.iso - самый простой способ, который позволит избежать не только таких сюрпризов, если нет понимания как найти изменения в образе ОС предлагаемым хостером. Это годится только для полноценной виртуализации - kvm, xen, vmware и пр., если используется OpenVZ - требуйте установки ОС из официальных template https://openvz.org/Download/template/precreated
2 Взять себя в руки и изучить, что такое yum, и снести все вражеское от хостера перед установкой BitrixEnv.
если выполнится без ошибок, и "3" это именно транзакция вашего yum update, то да но я бы на вашем месте переставил Centos из официального дистрибутива, о причинах сего писал выше