На веб окружении версии 2.1 была такая же проблема
Fatal error: Call to undefined function mysqli_init() in /home/bitrix/www/bitrix/modules/main/lib/db/mysqliconnection .php on line 48.
решилась включением расширения в \apache2\zendserver\etc\php.ini
строка 1254 - extension=php_mysqli.dll
Fatal error: Call to undefined function mysqli_init() in /home/bitrix/www/bitrix/modules/main/lib/db/mysqliconnection
решилась включением расширения в \apache2\zendserver\etc\php.ini
строка 1254 - extension=php_mysqli.dll