$communications = $order->getContactCompanyCollection();
$itemCom = $communications->createCompany(); //добавить компанию (2 и более компании нельзя)
$itemCom = $communications->createContact();//добавить контакт
$itemCom ->setField('ENTITY_ID', 36); //ID контакта или компании
$itemCom ->setField('IS_PRIMARY', 'Y'); // необязательно
$order->save();