Форум

$user = new CUser;

$filter = Array
(
"PERSONAL_PHONE" => '',
"GROUPS_ID" => Array(52) 
);
$rsUsers = CUser::GetList(($by="id"), ($order="desc"), $filter,['FIELDS'=>['ID','PERSONAL_PHONE']]); // выбираем пользователей из конкретной группы с пустым номером
while($arUser = $rsUsers->Fetch()){

   if(empty($arUser['PERSONAL_PHONE'])){ //проверяем на всякий случай, у меня попалось несколько человек где поле не пустое
$phone = \Bitrix\Main\UserPhoneAuthTable::getList([ //получаем отдельно PHONE_NUMBER
   'filter' => ['=USER_ID' => $arUser['ID'] ],
   'select' => ['USER_ID', 'PHONE_NUMBER'],
])->fetch();

if(!empty($phone['PHONE_NUMBER'])){ //если оно не пустое сделаем обновление
 $arUser['PHONE_NUMBER']=str_replace('+','',$phone['PHONE_NUMBER']);


   //$user->Update($arUser['ID'], ['PERSONAL_PHONE'=>$arUser['PHONE_NUMBER']]);

   $arUsera[]=$arUser;
}
   }
}


print_r($arUsera);