как лучше организовать хранение значений "своих" переменных в Битриксе важно предоставить возможность изменения значения переменных пользователем черех админку Битрикса...
Вы у самого себя интересуетесь? Или решение само собой найдется? Можно реализовать через COption. В админке добавите свою страницу для редактирования необходимых свойств.