Форум

По первому пункту ничего сказать не могу, к сожалению.
А пункты 2 и 3 встречаются даже если каталог не в корне.

По 404 ошибке в каталоге есть хорошая статья — http://dev.1c-bitrix.ru/community/webdev/user/81099/blog/bitrix-i-oshibka-404/

По пункту 3:
Чтобы символьные коды разделов не повторялись, можно в настройках инфоблока включить проверку кода на уникальность.
Ну а для уже имеющихся разделов коды нужно поправить. Приписать ИД раздела спереди, к примеру.
Будет так:
/razdel_1/123-podrazdel/
/razdel_2/456-podrazdel/