Как-то пришлось переносить данные из одной CMS в Битрикс.... Делал так: читал элемент из той базы и записывал в Битрикс уже через API Битрикса. В этом случае поля как надо заполняются....
Мы не рекомендуем использовать прямую запись в таблицы. Дело в том, что продукт постоянно развивается. Через систему обновлений мы можем как обновить скрипты ядра продукта, так и изменить структуру БД. В этом случае ваш функционал может перестать работать.
К тому же, как уже верно отметил Александр Черкасов, использование API продукта будет являться максимально корректным вводом данных в систему.
Не забывайте и о ряде служебных операций, которые инициируются функциями API. Например, индексирование информации для модуля поиска.