Скажем, я положу в папку libs файлы функций и буду подключать их в нескольких страницах. А вот как проверить, что обращение к этим файлом было прямое (например, site.ru/libs/functions.php) и запретить их выполнение вне подключения в других файлах?
Непонятно зачем это нужно, но можешь использовать константы как битрикс - на странице задаешь константа, в файле проверяешь. Нет константы, нет подключения файла.
Если речь идет о файлах функций, то в них нежелательно производить какой либо вывод или действия (это по феншую программирования). Если там нет ни вывода ни действий. Тогда нет смысла определять напрямую или нет.
Кроме того можно использовать автозагрузку ()
Если же там есть необходимость что-то делать и,тем более вывод, то почитайте по константу B_PROLOG_INCLUDED и ее использование. Если ее не достаточно -заведите свою и сделайте по аналогии. (в общем то это вам выше и предложили)