Не внедрял такую функцию но думаю в битриксе уже есть обработка для добавления в свойства типа файл, но я бы не советовал бы передавать в интеграции обмена такие файлы.
По сути любые данные которые идут в обмене идут только в инфоблок каталога, то есть файлы будут закреплены за элементами\товарами.
Как лучше выгружать на сайт прайсы завесит от дизайна, то есть как вы бы хотели предоставить их просматривать и что в дальнейшем планируете с ними делать.
В базисе вы можете загружать файлы через админку.
Можно написать скрипт в пару строк на пхп, не связанный с битриксом, на который вы можете пост запросом слать файлы прайсов. Но снова же вопрос как вы хотите выводить прайс или прайсы. Можно написать скрипт который будет добавлять в отдельный инфоблок прайс как элемент и вы сможете динамически выводить их в отдельном разделе сайта.
Думаю можно нечего не писать, а лиш составить правильный хттп запрос (с предварительной авторизацией), который будет постить в админке ваш прайс, в инфоблок или же просто в файловую систему.
Для начала вопрос дизайна :)
По поводу вирусов, да эта до сих пор распространена проблема и даже развивается, потерять пароль от фтп очень просто, чаты, почты, соцсети, все ломается и заражается чисто автоматикой, скриптами роботами\ботами, сообщения аськи запросто перехватываются, видел грамотный фишинг вконтакта, сайт ведет себя полностью как вконтакте, но работает по сути как прокси сервер к настоящему вконтакту, а пароль записывал. В дальнейшем явных признаков угона не проявлял и втихоря творил темные делишки :)
У меня были конфликты из за паранойи но к счастью начальство смогло заметить ситуации которые могли произойти в случает утечек :)
Поставьте вашей фирме "которая занимается нашим сайтом" задачу организации автоматизированной выгрузки файлов в безопасных условиях.