Добрый день! Мне кажется, что лучше всего при обновлении или добавлении элемента выставлять это свойство. События [url=http://dev.1c-bitrix.ru/api_help/iblock/events/onbeforeiblockelementadd.php]OnBeforeIBlockElementAdd[/url] и [url=http://dev.1c-bitrix.ru/api_help/iblock/events/onbeforeiblockelementupdate.php]OnBeforeIBlockElementUpdate[/url]
Также можно фильтровать по флагу не используя доп. свойство, но токда компонент фильтрации придется доделать, если я не ошибаюсь.