А вы внимательно смотрите на каталог bitrix - это ведь не чисто новый сайт создается, а делается дополнительный сайт к основному, у которого каталог bitrix ни что иное, как симлинк на каталог первого сайта. Во всяком случае так должно было быть. Проверьте этот момент :)