Форум

Покажите вывод команды. Возможно у вас несколько разделов на диске.

28 — это закончившееся место на диске, всё верно.
Если место теперь действительно есть, то можно перезапустить.

Всего-то переключить сеть из nat в bridge.
Или настроить проброс портов.
https://averagelinuxuser.com/ssh-into-virtualbox/#virtualbox-network-settings

К битриксу это отношения не имеет. Погуглить настройку virtualbox не сложно.

Вероятней всего права на файл не правильные.
Это видно в логе /var/log/secure

Измените права


К bitrixvm этот вопрос не имеет ни малейшего отношения.

через меню
https://dev.1c-bitrix.ru/learning/course/index.php?COURSE_ID=37&LESSON_ID=8831&LESSON_PATH=3908.8809.8817.8831

Нет. Левые файлы.

Это вредоносный файл, который просто нужно удалить, а не модифицировать.
На сайте его быть не должно, если он есть, значит вас уже взломали.

sudo /root/menu.sh

Верно, поэтому это делается вручную, а не через меню.

Проще всего создать wildcard сертификат.
acme.sh умеет такие создавать. Нужно чтобы ваш dns был в списке поддерживаемых.
https://github.com/acmesh-official/acme.sh/wiki/dnsapi

Разумеется это не через меню, а вручную настраивается.

Скачать и распаковать архив можно и вручную.
https://www.1c-bitrix.ru/download/cms.php#tab-subsection-3

Рекомендую использовать bitrxvm, раз возникают проблемы с нестандартной конфигурацией.