Убедитесь, что путь корректный в /etc/php.d/bitrixenv.ini
mysql.default_socket = /var/lib/mysqld/mysqld.sock
mysqli.default_socket = /var/lib/mysqld/mysqld.sock
mysql.default_socket = /var/lib/mysqld/mysqld.sock
mysqli.default_socket = /var/lib/mysqld/mysqld.sock