Кратно опишу решенные баги:
1. Месседжер битрикс24диск работает не корректно. Решение: не использовать https. C http все ок. ТП утверждает, что требуется действующий сертификат (см. выше.). Странно только, что все подключается и некоторые сообщения ходят по https. Ну да ладно, не критично, ибо портал в локалке.
2. Поиск на главной странице выдает ссылки на несуществующие документы. Решение: переиндексация. Надеюсь, что пропали только битые ссылки, а не документы
3. Проблема с правами на общий диск. После конвертации пользователи не видят некоторые файлы и каталоги. Админ видим все. В правах на файлы и диск группа "моя компания сотрудники" имеют полный доступ, но прав не хватает. Пока лечим прописыванием прав для конкретного пользователя, либо целого подразделения в которое он входит. Обращение не закрыто.