Нет, он не генерируется на лету, если Вы что-то отредактировали в шаблоне сайта, то потом желательно сбрасывать кэш. И если в настройках по моему главного модуля стоит галка "сжатия js и css", то все эти файлы, подключаемые шаблоном прогоняются через скрипт удаления пробелов и переводов строки, и результат складывается в кэш, откуда уже в дальнейшем и берутся.