Шаблон сайта уже создан в админке? (Админка - Настройки - Настройки продукта - Сайты - Шаблоны сайтов) Если создан, то его надо просто указать в настройках соответствующего сайта (пункт "Шаблон сайта")
Уточните, пожалуйста, что вы имеете ввиду. Вам нужен механизм определения того, что пользователь зашёл с мобильного? В таком случае, гугл в помощь, есть много способов, конкретно битрикса это не касается. А если вы хотите новый шаблон ко второму сайту прикрутить, то это делается в настройках созданного сайта.