Вот ещё что замечено. Если сформировать дерево каталога и выгрузить его пару раз, а потом поменять дерево каталога и попытаться выгрузить, выгружается и старое дерево, которое уже удалено и с сайта и из 1с модуля обмена, т.е не правильное кеширование где-то происходит