Это очень древняя проблема, на которую никто не может ответить. Если в 1с остаток ноль, а в отборе указано выгружать остаток больше ноля или больше равно единицы, то с 1с на сайт ноль не приходит и товар соответственно не трогается на сайте. Вот и приходится в отборе остатком вообще не пользоваться и грузить практически весь каталог, чтобы с 1с приходили и нулевые остатки, что конечно очень не удобно. Ещё при таком подходе теряются режимы обмена, т.е обмен всегда будет проходить полный, выбрать обмен только изменений не получится на данный момент.