Накатили обновление и на 1С (УПП 1.3.39.1), и на 1С-Битрикс. Это делали и раньше. Однако, инфоблок с каталогом как создался при первой выгрузке, так и был до последних событий.
Теперь, после последнего обновления, при каждой выгрузке аккуратно создается новый инфоблок с каталогом. Можно было-бы подумать на местных программистов 1С, но эта проблема, получается, не локальная.