GUID на сайте узнавать не надо, надо взять его из 1С и вбить в поле "Внешний код:" на сайте А что с товарами планируете делать? Им, по идее, тоже нужно вбить "Внешний код:", иначе при импорте будут создаваться новые элементы
Без чекрыжика - под чекрыжиком понимается галочка? Если галочка не стоит - считайте, что фильтра по этой строке нет. Не в группе - должна исключиться эта группа и все в нее входящее.