Для начала нужно получить все ID значений свойства.
Для значений, которые надо заменить, нужно добавить в массив "del"=>"Y".
[CODE]$ELEMENT_ID = 392;
$arFile = CFile::MakeFileArray($_SERVER["DOCUMENT_ROOT"]."/images/help.gif");
$arFile["MODULE_ID"] = "iblock";
$arFile["del"] = "Y";
$PROPERTY_VALUE["68"]["2033"] = $arFile;
CIBlockElement::SetPropertyValueCode($ELEMENT_ID, "FILES", Array ("2033" => Array("VALUE"=>$arFile) ) );
//68 это id свойства, 2033 это id значения свойства, FILES символьный код множественного свойства типа файл
[/CODE]
Посмотрите пример. тут.
http://dev.1c-bitrix.ru/api_help/iblock/classes/ciblockelement/setpropertyvaluecode.php