Надо выгружать в режиме "выгрузки изменений". Можно с использованием нескольких настроек обмена (по одной на каждый раздел, чтобы не менять настройки каждый раз). При изменении настройки включается "Режим принудительной полной выгрузки". Но он может быть отключен вручную. "Для этого необходимо через меню «Операции» открыть регистр сведений «Настройки обмена с сайтом с принудительной полной выгрузкой» и удалить в нем записи, относящиеся к используемой настройке обмена."