Добрый день! Пошаговый импорт на cron или из консоли невозможен в принципе. Судя по описанию, у Вас срабатывает ограничение на время выполнения скрипта. Установите параметр set_time_limit в 0 для скриптов, запускаемых через cron. Либо, если в профиле установлен шаг, возможен обрыв по достижении шага.