Модуль suhosin случаем не установлен? [QUOTE]Сергей Васюков пишет: Версия инфоблоков - 10.0.6[/QUOTE]С этой версии было исправлено много ошибок в форме. Обновляйтесь.
Либо передавайте массив ID разделов в ключе IBLOCK_SECTION как в CIBlockElement::Add, так и CIBlockElement::Update. Ключ IBLOCK_SECTION_ID должен отсутствовать.